Hay distintas maneras de abordar este problema:
1- Recomendar el uso de firefox y tratar al resto de tontos. Aunque sea cierto que la gran mayoría de problemas vienen de las reticencias de Microsoft por implementar correctamente los estándares, no podemos despreciar a esta gran mayoría de usuarios. Casi todos ellos desconocedores de los intríngulis de la informática, dicho esto sin menospreciar, tampoco se yo nada de medicina o derecho, o de estructurar correctamente lo que escribo.
2- Usar la archifamosa secuencia si Explorer esto, si no lo otro. Resultado doble trabajo y muchos errores que se van a escapar
3- Y por ultimo, y para mi la más correcta, usar una capa que nos aisle de las diferencias entre navegadores es decir cross-browser. Si usamos estas librerías nuestros scripts serán aptos para todos los navegadores y nos evitaran tener que ir probando, corrigiendo etc.
Para mi una de las mejores librerías es esta: http://www.cross-browser.com/. No solo permite realizar muchos efectos, lee la documentación, además es flexible y tiene una característica que la hace sobresalir sobre sus competidores, es compilable.
Me explico, desarrollamos nuestros escripts incluyendo las clases que nos hacen falta y probando y tal. Cuando todo este funcionando nos vamos al directorio xxc y mediante la consola ejecutamos xc.exe fichero.xcp. Donde fichero tiene la siguiente estructura:
; XC Project: mvcweb //nombre del proyecto
options
libpath ..lib //ruta de la libreria
appfiles
js.html //ficheros que contienen los escripts
El programa generara un fichero, en este caso mvcweb.js que contendrá la versión mínima de la librería para ejecutar tus escripts. Y ya esta hemos implementado cross-browser con solo un import de un fichero que puede pesar 8k mas o menos. Aquí os dejo una pequeña demo: